“去重”在肺癌NGS数据分析中的重要作用

摘要 目的 探讨“不去重”和“去重”两种方法分析后各NGS相关指标间的差异，研究“去重”在靶向捕获NGS数据分析中的重要作用。方法 通过对58例肺癌患者的DNA样本进行靶向286基因探针杂交方法建库并进行NGS检测，每例NGS检测数据分别进行“去重”和“不去重”两种方法的生物信息学分析，比较两种方法分析得到的NGS相关指标Mapped Reads（可比对上reads比例）、On Target（靶向区域reads比例）、Mean Depth（平均测序深度）以及Uniformity（均一性）等数据之间的差异。结果 “不去重”和“去重”两种方法分析得到平均Mapped Reads、On Target、Mean Depth和Uniformity值，各组指标间差异均有统计学意义（P<0.001）。“去重”方法分析时，Mapped Reads、On Target和MeanDepth 3个指标均呈现出血浆样本与其他3种类型样本间（FFPE、穿刺和手术）差异有统计学意义，在Uniformity指标上则呈现出4种类型样本间差异均无统计学意义。而“不去重”方法分析后结果正好相反。结论 去除PCR扩增所致重复序列的“去重”步骤在NGS数据分析中具有重要的作用，能够改善结果均一性，真实反映所测样本的DNA模板数量及等位基因频率（AF值，allele frequency）。“去重”后结果更有助于临床决策