基于转录组数据的杜仲红叶性状SSR分子标记分析
Analysis of Red Leaf Color SSR Molecular Markers by Transcriptome Sequencing of Eucommia ulmoides

对‘华仲12号’杜仲的幼嫩叶片（绿色）和成熟叶片（红色）及‘华仲11号’杜仲成熟叶片（绿色）进行转录组测序，进行测序数据的拼接和组装，且对转录组获得的基因（Unigenes）进行SSR分析。研究得到54 517条平均长度为806.90 bp的Unigenes，其中25 993条Unigenes在Nr、Swiss-Prot、KEGG和COG蛋白数据库获得功能注释，占所有Unigenes的47.68%。参照KEGG数据库，可将注释到的6 910条Unigenes划分到122个代谢途径分支，其中花色苷代谢途径相关酶基因39个，类黄酮代谢途径38个，类胡萝卜素合成途径34个。54 517条Unigenes中共包含17 010个完整型SSR位点，占总SSR位点的96.28%。完整型SSR位点共包含67种重复基元，其中出现频率最高的重复基元类型为单核苷酸重复中的A/T （7 747个），其次是AG/CT （5 039个）和AT/AT （850个）从花色苷代谢途径、类黄酮代谢途径及类胡萝卜素代谢途径中共找到13个SSR位点。为今后杜仲遗传多样性分析、遗传图谱构建及杜仲红叶性状分子标记开发等方面奠定了分子基础。