一个肝癌相关长链非编码rna的克隆及序列分析

最近我们利用新一代测序(nextgenerationsequencing，ngs)技术对肝细胞癌(hepatocellularcarcinoma，hcc)患者活检标本及正常对照肝组织样品进行高通量rna测序(rna-sequencing，rna-seq)，在肝癌样品中染色体11q13.1区域检测到几个相邻的rna-seq信号峰，而在正常对照组织中没有检测到，且该染色体区域目前尚无已知基因登录，提示这几个rna-seq峰可能代表一个或多个未知的新基因．以此为线索，证实这几个rna-seq峰来自同一个新基因，并克隆了该基因全长序列，在克隆该基因全长序列时，发现该基因编码的rna存在多种剪接形式，最长的转录本为3562bp．将该基因编码的12条代表性rna转录本序列递交到美国国立生物技术信息中心(nationalcenterforbiotechnologyinformation，ncbi)的genbank数据库中，genbankid号分别为kc136297～kc136308．该基因编码的rna没有发现明显的开放阅读框(openreadingfragment，orf)，提示该基因可能编码长链非编码rna(longnon-codingrna，lncrna)．为了探讨该lncrna基因可能的转录调控机制，我们用生物信息学方法预测了该lncrna基因潜在启动子区域，发现在其转录起始位点上游-719～-469bp处有一个潜在的启动子，其中包含7个sp1、1个stat5和1个egr1转录因子结合位点．该lncrna在肝细胞癌发生发展过程中的作用机制值得进一步深入研究．