%0 Journal Article %T 一个肝癌相关长链非编码rna的克隆及序列分析 %A 唐 珂? %A 魏 芳? %A 孛昊? %A 黄宏斌? %A 张文玲? %A 龚朝建? %A 李夏雨? %A 宋亚莉? %A 廖前进? %A 彭淑平? %A 向娟娟? %A 周鸣? %A 马健? %A 李小玲? %A 熊炜? %A 李勇? %A 曾朝阳? %A 李桂源? %J 生物化学与生物物理进展 %D 2014 %X 最近我们利用新一代测序(nextgenerationsequencing,ngs)技术对肝细胞癌(hepatocellularcarcinoma,hcc)患者活检标本及正常对照肝组织样品进行高通量rna测序(rna-sequencing,rna-seq),在肝癌样品中染色体11q13.1区域检测到几个相邻的rna-seq信号峰,而在正常对照组织中没有检测到,且该染色体区域目前尚无已知基因登录,提示这几个rna-seq峰可能代表一个或多个未知的新基因.以此为线索,证实这几个rna-seq峰来自同一个新基因,并克隆了该基因全长序列,在克隆该基因全长序列时,发现该基因编码的rna存在多种剪接形式,最长的转录本为3562bp.将该基因编码的12条代表性rna转录本序列递交到美国国立生物技术信息中心(nationalcenterforbiotechnologyinformation,ncbi)的genbank数据库中,genbankid号分别为kc136297~kc136308.该基因编码的rna没有发现明显的开放阅读框(openreadingfragment,orf),提示该基因可能编码长链非编码rna(longnon-codingrna,lncrna).为了探讨该lncrna基因可能的转录调控机制,我们用生物信息学方法预测了该lncrna基因潜在启动子区域,发现在其转录起始位点上游-719~-469bp处有一个潜在的启动子,其中包含7个sp1、1个stat5和1个egr1转录因子结合位点.该lncrna在肝细胞癌发生发展过程中的作用机制值得进一步深入研究. %K 长链非编码rna %K 肝细胞癌 %K 染色体11q13.1 %K 基因克隆 %K 生物信息学 %U http://www.pibb.ac.cn/pibbcn/ch/reader/view_abstract.aspx?file_no=20120613&flag=1