一种基于mesh主题词的临床?鄄组学关系挖掘方法

癌症的发生发展与机体内基因的改变有密切联系，在临床上表现为症状或检测指标的异常．通过挖掘分析临床表现与基因改变之间的关系，可为癌症早期诊断和精准治疗提供临床决策支持．从文献数据出发，利用结论性数据挖掘基因与临床表现的关系具有重要意义．本文提出一种基于医学主题词(medicalsubjectheadings，mesh)的生物医学实体关系挖掘方法．该方法利用pubmed中提供的文献信息，借用向量空间模型思想，使用mesh主题词矢量表达待研究实体，引入文献相互引用因素对结果进行修正，将关系挖掘转化为矢量间的数学运算，实现定量分析．本文将该方法应用于结直肠癌临床表现和基因关系的研究中，得到与结直肠癌相关的203个基因和对应的临床-基因462个关系．通过结合使用基因功能和通路分析工具g:profiler和kegg等，对结果进行分析验证．结果表明，基于mesh主题词的文献挖掘方法，避免传统“共现”方法对发现潜在关系的限制和复杂语义分析带来的大量计算，为生物实体之间潜在关系的挖掘提供一种新的思路和方法．