蛋白质与极性配体复合物的绝对结合自由能计算

介绍了用分子动力学模拟与热力学积分法相结合，模拟蛋白质与配体的绝对结合自由能的方法.通过分子转换法，使蛋白质分子（包括水分子）与配体小分子之间的相互作用逐渐减弱（或增强）至完全消失（或完全出现）.运用体约束方法，计算了配体与受体结合后平动、转动自由度的丧失即熵效应所引起的自由能变化.以胰蛋白酶双突变体（d189g/g226d）与极性配体苯甲脒为例，研究了蛋白质活性部位与极性配体的相互作用对结合自由能的影响，该复合物绝对结合自由能的模拟结果(－15.5kj/mol)与实验值(－10.5kj/mol)相近.