口蹄疫病毒ot株的全基因组序列测定及比较分析

？参考genbank上已发表的口蹄疫病毒(fmdv)全长基因组序列，设计了覆盖基因组全长的数对引物，通过rtpcr方法对口蹄疫病毒ot株进行分段克隆及序列测定。结果表明不含poly(c)序列的ot株基因组全序列长8142nt，开放读码框(orf)长6969nt、编码2322aa，5′utr长1004nt，3′utr长93nt，3′utr之后为23nt的poly(a)尾巴。应用分子生物学软件将ot株与fmdv其它参考毒株进行序列比对，并对其基因特征进行分析。结果显示，ot株的假结节（pseudoknots）从第415—499位连续缺失85nt，但是其3a基因却未发生碱基的缺失。其vp1基因的核苷酸同源性与o/akesu58、omⅲ两株最高，但ot株在进化时间上要比o/akesu58、omiii早很多，其毒株起源和遗传衍化关系还需要进一步的关注。