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ISSN: 2333-9721
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大豆吡哆醇生物合成蛋白基因(PDX)的电子克隆和进化分析

DOI: 10.3321/j.issn:1000-7091.2007.01.015, PP. 64-68

Keywords: 电子克隆,EST数据库,RT-PCR,基因组PCR,大豆,吡哆醇生物合成蛋白

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Abstract:

电子克隆(Insilicocloning)是随着基因组计划和EST计划实施而发展起来的利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法。根据物种间同源基因相对保守的特点,以拟南芥(Arabidopsisthaliana)吡哆醇生物合成蛋白cDNA序列为信息探针,对大豆(Glycinemax)EST数据库进行同源搜索和序列拼接,获得了1280bp长的大豆吡哆醇生物合成蛋白的基因序列(GenBank登陆号为DQ139265)。经过RT-PCR扩增、基因组PCR扩增、分子克隆和序列分析验证,结果表明与电子克隆序列完全一致。该基因具有完整的开放阅读框架(ORF,20~955bp),编码311个氨基酸。通过与水稻、日本百脉根、烟草、截形苜蓿等物种的吡哆醇生物合成蛋白序列比对,发现该基因具有高度的保守性。表明根据物种间同源基因序列,对跨物种间EST数据库进行同源检索、筛选、拼接,是克隆基因的有效途径。

References

[1]  Wei M H, Karavanova I, Ivanov S V, et al. In silico-initiated cloning and molecular characterization of a novel human member of the L1 gene family of neural cell adhesion molecules[J]. Human Genetics, 1998, 103 (3): 355-364.
[2]  Chen H, Xiong L. Pyridoxine is required for post-embryonic root development and tolerance to osmotic and oxidative stresses[J]. Plant J, 2005, 44(3): 396-408.
[3]  黄骥, 张红生, 曹雅君, 等. 一个新的C2H2型水稻锌指蛋白cDNA的克隆与序列分析[J]. 南京农业大学学报, 2002, 25(2): 110-112.
[4]  Ehrenshaft M, Bilski P, Li M, et al. A highly conserved sequence is a novel gene involved in de novo vitamin B6 biosynthesis[J]. Microbiology, 1999, 96: 9374-9378.
[5]  Zhang C, Yu Y, Zhang S, et al. Characterization, chromosomal assignment, and tissue expression of a novel human gene belonging to the ARF GAP family[J]. Genomics, 2000, 63(3): 400-408.
[6]  Hosoi T, Koguchi Y, Sugikawa E, et al. Identification of a novel human eicosanoid receptor coupled to G (i/o)[J]. The Journal of Biological Chemistry, 2002, 277 (35): 31459-31465.
[7]  West A B, Lockhart P J, O''farell C, et al. Identification of a novel gene linked to parkin via a bi-directional promoter[J]. Journal of Molecular Biology, 2003, 326 (1): 11-19.
[8]  Wang H, Liu D, Liu C, et al. The pyridoxal kinase gene TaPdxK from wheat complements vitamin B6 synthesis-defective Escherichia coli[J]. Journal of Plant Physiology, 2004, 161: 1053-1060.
[9]  陈大福, 牛宝龙, 翁宏飚, 等. 蜜蜂(Apis mellifera)腺苷酸转移载体基因cDNA的电子克隆[J]. 中国农业科学, 2004, 37(6): 923-927.
[10]  林慧贤, 刘筱斌, 李发强. 一个水稻小GTP结合蛋白基因Osrab5B的克隆和分析[J]. 高技术通讯, 2001, 11(3): 9-14.
[11]  Tambasco-Studart M, Titiz O, Raschle T, et al. Vitamin B6 biosynthesis in higher plants[J]. PNAS, 2005, 102 (38): 13687-13692.

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