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ISSN: 2333-9721
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番茄果实EST资源SSR信息分析

DOI: 10.7668/hbnxb.2011.04.038, PP. 213-217

Keywords: 番茄,EST-SSR,果实

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Abstract:

表达序列标签(Expressedsequencetags,EST)中存在广泛的微卫星或简单重复序列(Simplesequencere-peats,SSR),为SSR标记的开发提供了宝贵的资源。以NCBI中与番茄(Solanumlycopersicum)果实性状相关EST序列为材料,对EST序列进行聚类去冗余、拼接等前期处理后,再进行EST-SSR搜寻及分析。结果表明:NCBI中与番茄果实性状相关的83613条EST序列经CAP3拼接后获得18878个UniGene,其中9650个Contigs,9228个Singlets。对UniGene利用MISA软件进行SSR位点搜寻,获得2039条含有EST-SSR的序列,拼接后的UniGene的检出率为12.62%,包括97种重复基元。其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸重复占主导地位,三者占总SSR位点数的98.91%。SSR在番茄果实EST上的分布密度为每5451.6mer出现1个SSR。

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