%0 Journal Article
%T 番茄果实EST资源SSR信息分析
%A 韩明利
%A 崔娜
%A 于志海
%A 李天来
%A 侯丽霞
%J 华北农学报
%P 213-217
%D 2011
%R 10.7668/hbnxb.2011.04.038
%X 表达序列标签(Expressedsequencetags,EST)中存在广泛的微卫星或简单重复序列(Simplesequencere-peats,SSR),为SSR标记的开发提供了宝贵的资源。以NCBI中与番茄(Solanumlycopersicum)果实性状相关EST序列为材料,对EST序列进行聚类去冗余、拼接等前期处理后,再进行EST-SSR搜寻及分析。结果表明:NCBI中与番茄果实性状相关的83613条EST序列经CAP3拼接后获得18878个UniGene,其中9650个Contigs,9228个Singlets。对UniGene利用MISA软件进行SSR位点搜寻,获得2039条含有EST-SSR的序列,拼接后的UniGene的检出率为12.62%,包括97种重复基元。其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸重复占主导地位,三者占总SSR位点数的98.91%。SSR在番茄果实EST上的分布密度为每5451.6mer出现1个SSR。
%K 番茄
%K EST-SSR
%K 果实
%U http://www.hbnxb.net/CN/abstract/abstract3020.shtml