全部 标题 作者
关键词 摘要

OALib Journal期刊
ISSN: 2333-9721
费用:99美元

查看量下载量

相关文章

更多...
化学学报  2013 

基于ISC-SVR方法预测Th细胞表位

DOI: 10.6023/A12121059, PP. 670-678

Keywords: T细胞,表位,外源性抗原,MHC,II类分子,支持向量回归机

Full-Text   Cite this paper   Add to My Lib

Abstract:

外源性抗原蛋白被抗原提呈细胞(APC)摄取送入溶酶体中被降解为长度不一的肽段.在HLA-DM分子辅助下,MHCII类分子相关恒定链多肽(classII-associatedinvariantchainpeptide,CLIP)从MHCII类分子的肽结合槽解离,使得外源性抗原降解的肽段进入MHCII类分子空的肽结合槽中,形成稳定的抗原肽-MHCII类分子复合物.之后再被提呈到APC细胞表面供CD4+Th细胞的TCR识别,激活Th细胞分泌细胞因子,促进CTL细胞特异性杀伤靶细胞或辅助B细胞产生抗体.Th细胞的活化对机体的细胞免疫和体液免疫功能都有重要的辅助作用.本工作基于迭代自洽策略与支持向量回归机(ISC-SVR)方法建立了MHCII类分子与外源性抗原肽结合亲合力预测模型,采用13mer扩展核心结合序列可以提高预测模型的性能,分别按照均值法、最大值法、结合法、加权平均值法4种方法计算MHCII类分子与抗原肽的结合亲合力值.对17种MHCII类分子配型进行了回归分析,与其他预测模型相比较,本工作模型都得到了最佳AUC值.最后,以HLADRB1*0101分子为例,分析讨论了MHCII类分子与抗原肽的结合特异性.

References

[1]  ten Broeke, T.; van Niel, G.; Wauben, M. H.; Wubbolts, R. Traffic. 2011, 12(8), 1025.
[2]  Crotzer, V. L.; Blum, J. S. J. Immunol. 2009, 182(6), 3335.
[3]  Neefjes, J.; Jongsma, M. L.; Paul, P.; Bakke, O. Nat. Rev. Immunol. 2011, 11(12), 823.
[4]  Ferrante, A.; Gorski, J. J. Immunol. 2007, 178(11), 7181.
[5]  Agudelo, W. A.; Patarroyo, M. E. Mini-Rev. Med. Chem. 2010, 10(8), 746.
[6]  Wang, R. F.; Wang, X.; Rosenberg, S. A. J. Exp. Med. 1999, 189(10), 1659.
[7]  Madden, D. R. Annu. Rev. Immunol. 1995, 13, 587.
[8]  Zhu, Y. R.; Rudensky, A. Y.; Corper, A. L.; Teyton, L.; Wilson, I. A. J. Mol. Biol. 2003, 326(4), 1157.
[9]  Bian, H. J.; Hammer, J. Methods 2004, 34(4), 468.
[10]  Bian, H. J.; Reidhaar-Olson, J. F.; Hammer, J. Methods 2003, 29(3), 299.
[11]  Jardetzky, T. S.; Brown, J. H.; Gorga, J. C.; Stern, L. J.; Urban, R. G.; Strominger, J. L.; Wiley, D. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996, 93(2), 734.
[12]  Zavala-Ruiz, Z.; Strug, I.; Anderson, M. W.; Gorski, J.; Stern, L. J. Chem. Biol. 2004, 11(10), 1395.
[13]  Bui, H. H.; Sidney, J.; Peters, B.; Sathiamurthy, M.; Sinichi, A.; Purton, K. A.; Mothe, B. R.; Chisari, F. V.; Watkins, D. I.; Sette, A. Immunogenetics 2005, 57(5), 304.
[14]  Murthy, V. L.; Stern, L. J. Structure 1997, 5(10), 1385.
[15]  Vargas, L. E.; Parra, C. A.; Salazar, L. M.; Guzman, F.; Pinto, M.; Patarroyo, M. E. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2003, 307(1), 148.
[16]  Fremont, D. H.; Hendrickson, W. A.; Marrack, P.; Kappler, J. Science 1996, 272(5264), 1001.
[17]  Wilson, N.; Fremont, D.; Marrack, P.; Kappler, J. Immunity 2001, 14(5), 513. Cardenas, C.; Villaveces, J. L.; Bohorquez, H.; Llanos, E.; Suarez, C.; Obregon, M.; Patarroyo, M. E. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004, 323(4), 1265.
[18]  Nielsen, M.; Lundegaard, C.; Lund, O. BMC Bioinformatics 2007, 8, 238.
[19]  Brusic, V.; Rudy, G.; Honeyman, G.; Hammer, J.; Harrison, L. Bioinformatics 1998, 14(2), 121.
[20]  Lata, S.; Bhasin, M.; Raghava, G. P. S. Methods Mol. Biol. 2007, 409, 201.
[21]  Chang, S. T.; Ghosh, D.; Kirschner, D. E.; Linderman, J. J. Bioinformatics 2006, 22(22), 2761.
[22]  Doytchinova, I. A.; Flower, D. R. Bioinformatics 2003, 19(17), 2263.
[23]  Wang, P.; Sidney, J.; Dow, C.; Mothe, B.; Sette, A.; Peters, B. PLoS Comput. Biol. 2008, 4(4), e1000048.
[24]  Rammensee, H. G.; Friede, T.; Stevanovic, S. Immunogenetics 1995, 41(4), 178.
[25]  Chang, C. C.; Lin, C. J. ACM. TIST. 2011, 2(3), 1.
[26]  Liu, T.; Liu, W.; Song, Z.; Jiao, C. B.; Zhu, M. H.; Wang, X. G. Cell. Mol. Immunol. 2009, 6(2), 135.
[27]  Lopez, J.; Suykens, J. A. Neural. Process. Lett. 2011, 33(1), 31.
[28]  Perez-Garrido, A.; Helguera, A. M.; Borges, F.; Cordeiro, M. N.; Rivero, V.; Edcudero, A. G. J. Chem. Inf. Model. 2011, 51(10), 2746.
[29]  Dong, S. M.; Song, Z.; Liu, T.; Zhu, M. H.; Liu, W. Acta Chim. Sinica 2010, 68(18), 1821. (董素梅, 宋哲, 刘涛, 朱鸣华, 刘伟, 化学学报, 2010, 68(18), 1821.)
[30]  Nielsen, M.; Lundegaard, C.; Blicher, T.; Peters, B.; Sette, A.; Justesen, S.; Buus, S.; Lund, O. PLoS Comput. Biol. 2008, 4(7), e1000107.
[31]  Altuvia, Y.; Margalit, H. Methods 2004, 34(4), 454.
[32]  Song, Z.; Liu, T.; Jiao, C. B.; Liu, W.; Zhu, M. H.; Guo, Y. F.; Wang, X. G. Sci. China Ser. B-Chem. 2009, 52(1), 39.
[33]  Cardenas, C.; Ortiz, M.; Balbin, A.; Villaveces, J. L.; Patarroyo, M. E. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2005, 330(4), 1162.
[34]  Sundberg, E. J.; Sawicki, M. W.; Southwood, S.; Andersen, P. S.; Sette, A.; Mariuzza, R. A. J. Mol. Biol. 2002, 319(2), 449.
[35]  Busch, R.; Hill, C. M.; Hayball, J. D.; Lamb, J. R.; Rothbard, J. B. J. Immunol. 1991, 147(4), 1292.

Full-Text

Contact Us

service@oalib.com

QQ:3279437679

WhatsApp +8615387084133