南药青天葵转录组SSR位点信息分析

以青天葵全转录组测序获得的142220条unigene为试材，采用MicroSAtellite（MISA）软件分析青天葵简单重复序列（simplesequencerepeat，SSR）的分布频率和重复基元的类型等特征，利用Primer5.0对符合鉴定要求的SSR基元进行引物设计，并通过SSRFinder校验SSR引物，以期为青天葵遗传多样性分析、分子标记辅助育种、遗传图谱绘制等种质资源研究提供参考依据。结果表明在青天葵转录组共检测到分布在5223条unigene上的5684个SSR位点，SSR发生频率为3.67%，分布密度为1/13kb。二核苷酸重复为青天葵SSR主要基元类型，其中AG/CT和AT/AT基序出现频率最高，占SSR总数的52.9%。设计筛选得到2486条SSR引物。青天葵转录组SSR位点出现频率高、类型丰富、多态性潜能较高。