人Sox10基因启动子区高甲基化的预测和验证

目的运用生物信息学方法预测人Sox10基因启动子区甲基化情况并进行实验验证。方法从GenBank获取人Sox10基因序列，利用Methyprimer11.0软件、Lilab、CpGIslandSearcher预测其启动子区CpG岛。进一步运用甲基化特异性PCR（methylationspecificPCR，MSP）和重亚硫酸盐测序(bisulfitesequencingPCR,BSP)方法检测人Sox10基因启动子区CpG岛在多形性胶质母细胞瘤和瘤周组织中的甲基化情况。结果经过生物信息学分析发现,人Sox10基因启动子区存在2个CpG岛,分别为165(1241～1405)bp和105(1478～1582)bp。针对这两个CpG岛设计引物行MSP和BSP实验，研究发现，在人多形性胶质母细胞瘤和瘤周组织中Sox10基因启动子区CpG岛均出现部分甲基化，其中在多形性胶质母细胞瘤中的甲基化率为90.5％，在瘤周组织中的甲基化率为28.5％。结论本研究证实了人Sox10基因启动子区CpG岛在多形性胶质母细胞瘤中出现高甲基化，提示其表达下调可能受甲基化调节。