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ISSN: 2333-9721
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藏茵陈川西獐牙菜转录组SSR信息分析

Keywords: 藏茵陈川西獐牙菜,转录组,SSR信息分析

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利用MISA(MicroSAtelite)软件对藏茵陈川西獐牙菜转录组序列68787条跨叠群(contigs)进行简单重复序列(SSR)位点的挖掘,发现5099条序列中含有5610个SSR位点,发生频率为7.41%,共有220种重复基元,平均每12.60kb出现1个SSR位点。三核苷酸重复基元SSR出现频率最高(45.99%),其次是二核苷酸(41.62%)。AT/TA和AAT/TTA是二、三核苷酸中的优势重复基元。藏茵陈川西獐牙菜转录组SSR以5~10次重复为主,基序长度主要集中于12~30bp。在藏茵陈川西獐牙菜转录组中注释的30651个contigs中,有1447个SSRs位于编码区,主要以三核苷酸重复为主(928,64.13%)。藏茵陈川西獐牙菜转录组SSR的出现频率高,重复类型丰富,理论表明这些转录组SSR具有较高的可用性。该文通过对藏茵陈川西獐牙菜转录组资源的SSR信息的研究,为分子水平和生物信息学角度上开发藏茵陈川西獐牙菜的SSR功能性标记提供了丰富的候选序列。

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