%0 Journal Article
%T 藏茵陈川西獐牙菜转录组SSR信息分析
%A 刘越
%A 岳春江
%A 王翊
%A 马加强
%A 孙洪波
%A 罗敏
%A 马鹏举
%A 张琳霞
%A 马徐
%A 陈川川
%A 李华
%A 唐丽
%J 中国中药杂志
%D 2015
%X 利用MISA(MicroSAtelite)软件对藏茵陈川西獐牙菜转录组序列68787条跨叠群(contigs)进行简单重复序列(SSR)位点的挖掘,发现5099条序列中含有5610个SSR位点,发生频率为7.41%,共有220种重复基元,平均每12.60kb出现1个SSR位点。三核苷酸重复基元SSR出现频率最高(45.99%),其次是二核苷酸(41.62%)。AT/TA和AAT/TTA是二、三核苷酸中的优势重复基元。藏茵陈川西獐牙菜转录组SSR以5~10次重复为主,基序长度主要集中于12~30bp。在藏茵陈川西獐牙菜转录组中注释的30651个contigs中,有1447个SSRs位于编码区,主要以三核苷酸重复为主(928,64.13%)。藏茵陈川西獐牙菜转录组SSR的出现频率高,重复类型丰富,理论表明这些转录组SSR具有较高的可用性。该文通过对藏茵陈川西獐牙菜转录组资源的SSR信息的研究,为分子水平和生物信息学角度上开发藏茵陈川西獐牙菜的SSR功能性标记提供了丰富的候选序列。
%K 藏茵陈川西獐牙菜
%K 转录组
%K SSR信息分析
%U http://www.cjcmm.com.cn/cjcmm/ch/reader/view_abstract.aspx?file_no=20151103&flag=1