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ISSN: 2333-9721
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园艺学报  2014 

辣椒转录组snp挖掘及多态性分析

, PP. 343-348

Keywords: 辣椒,转录组,est-snp,caps

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Abstract:

利用snp分析软件从辣椒(capsicumannuuml.)251068条unigenes中筛选出18159个snp,其中有1781个snp位点被匹配在1291个注释基因上,基因功能分类和代谢途径分析表明,其中有853个基因参与初生代谢(28.7%)、细胞代谢(17.3%)、生物合成过程(15.7%),另有125个(9.7%)基因序列参与新陈代谢途径,53条(4.1%)序列参与次生代谢产物合成途径,31条(2.4%)序列参与植物激素合成途径。est-snp序列中4172条(22.9%)满足设计caps引物条件,为了验证est-snp正确性,并选取了15对caps引物对5份辣椒材料进行扩增,结果发现有8对(53.3%)引物表现出多态性。表明筛选出这些est-snp标记可作为辣椒基因分型、图谱构建等的候选分子标记。

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