柑橘caps标记和as-pcr引物的开发

以从genbank中下载的93955条甜橙[citrussinensis（l.）osbeck]est序列为源序列，利用qualitysnp软件包从中挖掘出1521个单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphism，snp）候选位点。进一步利用酶切位点查找软件watcut进行分析，发现其中125个snp为酶切扩增多态性序列（cleavedamplifiedpolymorphicsequences，caps）位点。随机挑选40个caps候选位点设计引物，对12个含多种类型的柑橘品种进行分型，以此验证各标记的有效性。同时，还挑选了25个经生物信息学预测可导致其编码蛋白氨基酸序列改变的snp位点，分别设计出一组等位基因特异pcr（allelespecificpcr，as-pcr）引物，以6个不同类型柑橘品种的dna为模板进行pcr扩增，扩增产物采用琼脂糖凝胶电泳进行检测，筛选多态性引物。结果显示，40个caps候选位点中有26个位点具有酶切扩增多态性，且分型结果稳定，可作为caps标记。此外，还筛选获得15组在不同柑橘品种间检测到多态性的as-pcr引物，重复性好，可有效用于柑橘品种的snp分型。