缢蛏(Sinonovacula constricta)EST-SSR 分布特征及引物开发利用

采用 CAP3 软件对 NCBI 上的 5296 条缢蛏 ESTs 序列进行了微卫星特征分析。 结果表明, 经拼接、去冗得到非冗余 EST 序列 3453 条, 含 SSR 位点的 EST 序列 267 条, 共 307 个 SSR 位点, 检出率为 8.89%, 平均每 6.83kb 出现 1 个 SSR 位点。设计了 40 对 EST-SSR 引物并进行 PCR 扩增, 29对引物能扩增出理想的 PCR 产物, 其中多态性引物 14 对。利用 14 对多态性引物分析了乐清湾缢蛏遗传多样性, 共检测到等位基因数(Na)61 个, 每个位点的等位基因数为 2—12 个。二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复是最主要的重复类型, 分别占 15.96%、37.13%和 35.50%。乐清湾缢蛏群体观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为 0.569、0.490 和 0.449, 表明乐清湾缢蛏遗传多样性较丰富。