Dise o de un sistema de PCR para la detección del virus del papiloma humano mediante el uso de oligonucleótidos degenerados de la región E6

Objetivo: Dise ar y estandarizar un sistema de PCR para detectar un amplio espectro de tipos de VPH en una sola reacción utilizando como blanco la región E6 del genoma viral. Métodos: Utilizando secuencias del gen E6 de distintos tipos de VPH del NCBI y las herramientas informáticas Mult Alin versión 5.4.1. y Oligo Analyzer 1.1.2 se dise aron oligonucleótidos degenerados que permitían la amplificación de un fragmento de aproximadamente 214 pb. Las muestras seleccionadas incluyen: 25 muestras de ADN, cada una positiva para un solo tipo de VPH tipificados por el sistema PCR-RFLP MY11/MY09 del gen L1. Resultados: Se obtuvieron amplificados de aproximadamente 214 pb de 25 tipos distintos de VPH, se detectaron amplificados de E6 en muestras negativas para el sistema MY09/MY11. Conclusiones: Se pudo determinar que el dise o de los oligonucleótidos degenerados fue altamente eficiente para la amplificación de por lo menos 25 tipos distintos de VPH lo que facilitaría la detección en muestras clínicas. Objective: Design and standardize a PCR system to detect a broad spectrum of HPV types in a single reaction using target the E6 region of the viral genome. Methods: Using E6 gene sequences of different HPV types and NCBI tools Mult Alin Oligo Analyzer version 1.1.2 5.4.1. Degenerate oligonucleotides were designed that allowed amplification of a fragment of approximately 214 bp. Selected samples include: 25 DNA samples, each positive for a single HPV type typified by PCR-RFLP system MY11/MY09 L1 gene. Results: We obtained approximately 214 bp amplified from 25 different HPV types were detected in samples amplified from E6 negative MY09/MY11 system. Conclusions: It was determined that the design of degenerate oligonucleotides was highly efficient for amplification of at least 25 different HPV types which would facilitate detection in clinical samples.