Caracterización del Virus de la Encefalitis Equina del Este Mediante la Transcriptasa Reversa Reacción en Cadena de la Polimera y el Análisis del Polimorfismo de la Conformación de Cadenas Sencillas Characterization of Eastern Equine Encephalitis Virus by Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction and Analysis of Single

El análisis de polimorfismo en la conformación de cadenas sencillas (SSCP, por sus siglas en inglés) se utilizó para caracterizar regiones del genoma de tres cepas de virus de encefalitis equina del este (VEEE), aisladas de cerebros de equinos muertos. Los segmentos de ARN fueron amplificados mediante la transcriptasa reversa acoplada a la reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR). Se analizó un fragmento de 542 pb de la región 3’no traducible del ARNm 26S y un fragmento de 532 pb del gen de la proteína no estructural P4 (nsP4), encontrándose que la migración de las cadenas sencillas de estos fragmentos de ADNc fueron diferentes en estos aislados virales, lo que indica que presentan polimorfismo genético en estas regiones del genoma, el cual es característico de cepas de VEEE, variantes Sur Americanas. The single-strand conformation polymorphism (SSCP) analysis was developed to characterize RNA segments of the genome in three strains of virus eastern equine encephalitis (EEEV), isolated from dead equine brains. The RNA segments were amplified by the reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR). The analyses of the 542 pb fragment from the 3’ untranslated region of the 26S mRNA and the 532 pb fragment of the nonstructural P4 protein (nsP4) gene were performed. The results of the present investigation show that the migration of the single strands of the c-DNA fragments was different in these isolated viruses, which indicate genetic polymorphism in these genome regions, which is characteristic of EEEV strains from South American varieties.