水稻全基因组R基因鉴定及候选RGA标记开发

用45个已知功能的植物抗病(R)基因序列对粳稻全基因组序列进行搜索,共找出2119个R基因同源序列或类似物(RGA),表明RGA在水稻基因组中成簇存在,呈非随机分布.采用隐马尔柯夫模型(HMM),将这些RGA按其功能域分成了21类.将粳稻的RGA与籼稻的基因组序列进行比较,共找到702个两亚种间等位的RGA,并发现其中有671个(占95.6%)RGA的基因组序列(包括编码区和非编码区)在两亚种间存在长度差异(InDel),表明水稻RGA在两亚种间存在很高的多态性.通过在InDel两侧设计引物并进行e-PCR验证,共开发出402个基于PCR的、表现为共显性的候选RGA标记.这些候选标记在两亚种间的长度差异在1~742bp之间,平均为10.26bp.有关数据均可从我们的网站(http://ibi.zju.edu.cn/RGAs/index.html)上获得.