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中国生物工程杂志 2008
甘蓝型油菜中一类AP2/ERF转录因子的克隆和生物信息学分析Keywords: AP2/ERF,转录因子,克隆,生物信息学,甘蓝型油菜,沪油15,甘蓝型油菜,转录因子,克隆,生物信息学分析,Analyzing,Cloning,Brassica,napus,L,Genes,检测,分生组织,种子,表达,内含子,基因,幼苗,沪油,双低油菜,方法,设计,程度 Abstract: AP2/ERF转录因子家族是植物中广泛存在的一类转录因子,AP2/ERF这类转录因子主要参与植物的细胞周期、生长发育以及生物和非生物胁迫相关基因的表达调控.由于拟南芥和油菜同属于芸薹属,具有相似的基因信息,利用油菜UniGene数据库,以拟南芥ERF 转录因子保守序列为探针,通过电子克隆从一个UniGene Cluster中分离得到三个同类的 AP2/ERF转录因子,从cDNA序列、氨基酸序列的相似性、组成成分、理化性质、疏水性/ 亲水性分析、序列比对、进化树、功能域、二级结构、三级结构、无序化特性进行了预测和较为全面的分析.结果显示油菜来源的BnaERF1、BnaERF2和BnaERF3属于AP2/ERF 转录因子的B-2亚族,是亲水性蛋白,在蛋白质的三级结构上与AtERF1相似.蛋白质无序化分析发现,油菜BnaERF1、BnaERF2和BnaERF3无序化程度小于拟南芥AtERF1.设计引物通过PCR和RT-PCR方法分别从甘蓝型双低油菜沪油15幼苗的DNA和cDNA中扩增了上述基因,初步分析BnaERF2没有内含子,BnaERF1和BnaERF3有内含子.另外,通过EST丰度分析显示,该类转录因子的表达最高峰在种子中,其次为花,在芽、茎和分生组织中没有检测出表达的存在.
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