Nonribosomal peptides synthetases gene clusters and core domain in Pseudoalteromonas sp. NJ631
海洋细菌Pseudoalteromonas sp. NJ631中NRPS基因簇及核心模件的发掘

摘要:【目的】运用基因组信息发掘技术(Genome Mining)对海洋细菌Pseudoalteromonas sp．NJ631基因组中的非核糖体肽合成酶(Nonribosomal peptides synthetases，NRPSs)基因簇资源及其核心模件进行发掘分析，旨在为Pseudoalteromonas属中非核糖体肽(Nonribosomal peptides，NRPs)的发现提供理论依据和数据支持。【方法】依托第二代测序技术获得的Pseudoalteromonas sp．NJ631基因组序列草图，在分析其次生代谢产物编码基因的基础上，利用NRPS-PKS knowledgebase在线预测软件鉴定潜在的NRPSs基因簇，并对其基因组中的NRPSs核心模件腺苷酰化(Adenylation，A)结构域编码基因信息进行发掘。【结果】在NJ631 基因组序列草图中发现3个典型结构组成的NRPSs基因簇，命名为NGC1、NGC2和NGC3，分别位于scaffold6，9和11。进一步的结构域预测分析表明，3个NRPSs 基因簇均含有3个ORFs，其中NGC1编码7个NRPSs模块;NGC2和NGC3均编码6个NRPSs模块。对A结构域的信息发掘显示NJ631基因组中含有38个A结构域编码基因，特异性选择18种氨基酸底物。【结论】通过运用基因组信息发掘技术对海洋细菌Pseudoalteromonas sp．NJ631全基因组信息进行NRPSs基因簇及核心模件A结构域的发掘分析，结果提示，通常只在放线菌或真菌中发现的NRPSs基因资源也在Pseudoalteromonas属中大量存在。研究结果也为今后Pseudoalteromonas 属中非核糖体肽(Nonribosomal peptides，NRPs)的发现提供理论依据。