Analysis of leader and trailer sequence of genotype III, VIb and VIId Newcastle disease virus determined by modified rapid amplification of cDNA ends (RACE) strategy
简化cDNA末端快速扩增技术测定基因III、VIb和VIId型新城疫病毒基因组末端序列及分析

摘要: 【目的】简化cDNA末端快速扩增技术（Rapid amplification of cDNA ends, RACE）流程，测定基因III、VIb和VIId型新城疫病毒（Newcastle disease virus, NDV）基因组两侧末端序列，并对NDV的leader和trailer进行分析。【方法】利用T4 RNA连接酶将特定寡聚核苷酸片段的连接于病毒基因组RNA和cDNA，再利用RT-PCR或PCR方法对病毒基因组的末端进行快速的扩增。【结果】建立一套操作简单、低成本、可重复性高的RACE方法，测定了三种基因型5株NDV 3’末端leader和5’末端trailer序列比对分析。【结论】本实验测定的鹅源VII型毒株JS/7/05/Ch基因组的15,184 nt由一个T变为了C，5’端trailer与3’端leader的连续互补序列由8 nt变为12 nt，而其它4株基因III型和VI型NDV均未发现该突变。通过RNA的二级结构分析，NDV基因组和反向基因组RNA的3’末端形成一个发卡结构。JS/7/05/Ch等3株NDV U→C（T→C）的突变位于发卡环上，不影响二级结构的形成，发卡环的RNA序列突变为3’-UCUC-5’，与基因组3’端发卡环的3’-UCUUA-5’相似，推测可能影响了基因组RNA的复制速度。