Construction and Analysis of VP3 from a Foot-and-mouth Disease Virus Strain AF72
口蹄疫病毒株AF72 VP3的结构模拟与分析

以口蹄疫病毒株AF72 RNA为模板, 反转录并扩增目的基因, PCR纯化产物与pGEM T- Easy载体连接并转化JM109菌株, 用凝胶电泳、PCR和SpeⅠ/ SphⅠ双酶切法鉴定为阳性的重组质粒进行测序。比对测序结果确定AF72 VP3的核苷酸序列, 利用同源建模的方法建立AF72 VP3结构蛋白的3D结构, 在此基础上, 综合亲水性、可塑性、抗原指数以及表面可能性等参数预测AF72 VP3结构蛋白的B细胞抗原表位。分析表明, 口蹄疫病毒VP1、VP2、VP3和VP4在核苷酸水平上的变异率是无差异的(P > 0.05); 而它们在氨基酸水平上的变异率差异显著(P < 0.05)。该毒株与20株源于GenBank中的VP3氨基酸序列比对发现其保守区主要位于第1~24、24~35、36~42、45~56、65~122、124~172、177~210、211~219位。AF72 VP3结构蛋白三维空间结构可分为A、B和C 3个结构区域, 蛋白呈现较规则的空间构象, 其中18~23、30~44、60~75、113~124、130~142、193~220氨基酸区段是AF72 VP3结构蛋白可能的B细胞抗原表位区域, 该结果将为进一步的FMDV多表位疫苗研究提供更有价值的参考信息。