D-loop sequence variation of mitochondrial DNA in Captive Brown-eared Pheasant (Crossoptilon mantchuricum)
褐马鸡圈养种群的mtDNA控制区多态性

褐马鸡(Crossoptilon mantchuricum)是我国特有的濒危鸟类，国家一级保护动物。为了保护褐马鸡的种质资源，从分子水平上评价褐马鸡的遗传多样性，对山西省庞泉沟自然保护区、太原市动物园的褐马鸡种群20个个体，线粒体DNA D-loop区全序列进行了克隆和测定，使用Clustal X、DnaSP4.0、Mega3.1等生物信息学软件，对全部20条序列开展了比对分析，确定了多态位点与单倍型数目，计算了核苷酸多样性和单倍型多样性；比较了两个种群的遗传变异，初步探讨了褐马鸡种群的遗传多样性和遗传结构。结果表明：20条褐马鸡线粒体DNA D-loop区全序列长度在1236-1237bp之间， 其中A、T、G和C 4种核苷酸的平均含量分别为 31.0％、 26.8％、27.5％和 14.8％，A+T含量（57.8%）高于G+C含量（42.3%）。排除1处核苷酸的插入或缺失后，共检测出26个突变位点，占分析序列总长度的2.1％，其中包括25处单一多态位点和1处简约信息位点。20个个体检测出13个单倍型，其中11个个体具有独特的单倍型，2个共享单倍型。褐马鸡两个种群的单倍型多样性（h）为0.911-0933，核苷酸多样性（π）为0.002-0.003，单倍型间的遗传距离为0.003-0.002。根据单倍型构建了褐马鸡两个种群的NJ分子系统树。聚类表明，2个种群的个体并没有按相应的地理位置进行聚类。揭示褐马鸡具有较高的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性，种群的遗传变异较低；两个种群单倍型间的遗传距离较近，遗传多样性参数接近，统计分析无显著差异，两个种群尚未表现出明显的遗传分化，且两个种群间有基因流存在。