比较不同DNA条形码对中国海岸带耐盐植物的识别率

海岸带耐盐植物是一个生态和经济价值独特的庞杂类群, 人们对其DNA条形码特性的了解甚少。本文对我国从辽宁到海南10个沿海省(市)大陆及岛屿海岸带耐盐植物广泛采样, 从采集获得的样品中筛选出53科97属116个物种共562个样品进行DNA条形码研究。对3个叶绿体片段(matK、rbcL、trnH-psbA)和1个核基因片段(ITS)进行了扩增和测序, 统计各个片段的引物通用性和序列获得率, 并检验了物种识别率。从序列获得率来看, matK和trnH-psbA片段表现最好, ITS较差, ITS和matK的引物通用性比其他2个片段差。序列相似性分析表明, 单个片段ITS物种识别率最高(73.36%), 其次为matK (64.03%)和trnH-psbA (61.21%), rbcL的物种识别率最低, 仅为46.41%。系统发育树分析显示matK的物种识别率最高(82.3%), 依据trnH-psbA片段难以获得可靠的系统发育树。多维度非度量分析(non-metric multidimensional scaling, NMDS)表明在进行海岸带区域性植物的DNA条形码研究时, 叶绿体片段和核基因片段均应该考虑。综合上述研究结果, 推荐联合片段ITS + matK作为中国海岸带耐盐植物DNA条形码。本文为海岸带耐盐植物研究提供了总计1,939条DNA条形码基础数据, 为构建耐盐植物DNA条形码数据库奠定了基础