甘草microRNA及其靶基因的生物信息学预测

目的 利用生物信息学手段预测甘草Glycyrrhiza uralensis 的microRNA（miRNA），并实验验证其存在，确定相应的靶基因，为理解甘草miRNA的生物学功能奠定基础。方法 下载公共核酸数据库中的甘草高通量测序序列和表达序列、标签序列，使用Trinity和Assembler等软件拼接以获得转录本数据。基于miRNA前体序列在植物物种间的保守性，将miRBase数据库中的已知植物miRNA前体与甘草转录组序列进行Blast比对，按照miRNA前体应具备的标准进行筛选。通过stem-loop qRT-PCR实验验证miRNA。使用psRNATarget软件进行miRNA的靶基因预测，并对靶基因进行功能分析。结果 序列拼接获得88 263条甘草转录组数据。使用这些数据预测到分属于17个家族的49个miRNA序列，以及相应的30个茎环结构前体，随机选取其中12个，经实验验证，确实存在。这些miRNA靶向的172个基因主要参与基因转录调控、信号转导、发育调控和防御反应等生物学过程。结论 新预测的甘草miRNA及其靶基因为进一步研究miRNA在甘草中的生物学功能奠定了基础