基于流式细胞术和K-mer分析的黄芪基因组大小估测

目的 使用流式细胞术与K-mer分析估测黄芪基因组的大小及复杂程度，为黄芪基因组测序奠定基础。方法 以番茄为内标，用流式细胞仪测定经碘化丙啶（PI）染色的番茄细胞核和黄芪细胞核混合样品的PI荧光强度，通过比较黄芪与番茄细胞DNA含量峰值的倍数关系，计算黄芪的基因组大小。采用高通量测序技术进行黄芪基因组调查测序，利用生物信息学方法估计黄芪杂合率、重复序列和GC含量等信息。结果 采用流式细胞术测得黄芪基因组大小约为1 426 Mb。通过基因组调查测序，获得了95 Gb黄芪基因组DNA测序数据，K-mer分析表明黄芪基因组约为1 456 Mb，测序深度为39×。K-mer分布曲线有明显的杂合峰，基因组杂合率为2.1%。结论 黄芪基因组大小为1.45 Gb左右，杂合率较高。这一结果可为黄芪基因组学研究提供参考