苦玄参转录组EST-SSR引物开发及群体遗传多样性分析

目的 研究18个苦玄参种群的遗传多样性及亲缘关系，为苦玄参的资源评价及开发利用提供依据。方法 采用EST-SSR引物开发技术，利用SSR分子标记，分析18个种群的遗传多样性，并基于遗传距离对其进行聚类分析，明确各种群间的亲缘关系。结果 从100对EST-SSR标记中，筛选出具有多态性的引物48对。随机抽取20对具有多态性的引物对18个种群进行扩增，共扩增出71个等位基因，平均每对引物3.55个。各引物间多态位点百分数（P）为0~40.7%，平均19.9%；多态信息含量（PIC）为0~0.794 1，平均0.397 7；Shannon信息指数（I）为0~1.814 3，平均0.808 4。观测杂合度（Obs_Het）为0~0.442 3，平均值0.212 7；预期杂合度（Exp_Het）变化范围0~0.826 9，平均值0.455 8。18个种群群内近交系数（Fis）值为-0.095 3~0.663 9，平均0.159 2；总群体内亚群间近交系数（Fit）值为0.062 6~0.858 7，平均0.537 2；遗传分化系数（Fst）为0~0.686，平均0.449 6。基因流（Nm）在0.114 4~0.759 4，平均值为0.306 1。各种群基因多样性指数（Nei）为0~0.401 6、I为0~0.620 9，广西梧州最高，云南普洱龙潭乡最低。云南景洪勐龙镇和云南景洪景哈乡遗传距离最近，仅0.031 9；广西龙州和云南勐海县打洛镇遗传距离最大，为0.963 8。在遗传距离0.321 3处，可将18个种群分成4个群体，其中广西3个种群归入同一群体，云南勐满镇、勐伦镇及勐遮镇归为同一个群体，第3个群体为云南勐海县勐宋乡，其余种群归入第4个群体。结论 18个种群遗传分化水平不一致，各种群杂合度差异较大。种群间Nm较小，群体基因交换不大；群体内存在一定的近交率，种群亲缘关系受地理隔离影响较大