蓖麻PIP5Ks基因的生物信息学及荧光定量PCR分析

目的 预测磷脂酰肌醇4-磷酸5-激酶（PIP5Ks）基因家族7个基因的表达部位；测定Lm型雌性系蓖麻aLmAB2 3种品系不同时期的蓖麻花序中PIP5Ks各成员相对表达量。方法 利用生物信息学分析在线软件进行蛋白质理化性质分析、蛋白质疏水性分析、亚细胞定位预测、跨膜区分析。采用荧光定量PCR方法进行蓖麻PIP5Ks基因家族的生物信息学分析和采用DNAMAN程序进行序列比对。结果 蓖麻PIP5Ks共有7个成员，分别为PIP5K1、PIP5K2、PIP5K4、PIP5K6、PIP5K8、PIP5K9、PIP5K11；蓖麻PIP5K对应的蛋白之间的氨基酸序列同源性达到48.06%，蓖麻PIP5Ks所对应蛋白均为亲水性蛋白，除PIP5K9和PIP5K11为不稳定蛋白质其余均为稳定蛋白质；PIP5Ks对应蛋白均不存在跨膜结构域，均为非跨膜蛋白。亚细胞定位结果显示PIP5K1、PIP5K4、PIP5K6、PIP5K9、PIP5K11蛋白具有导肽的可能性较低，并且无对应的氨基酸切割位点，即定位在其他细胞器或者可能为胞浆蛋白；PIP5K2蛋白定位在叶绿体，叶绿体转运肽数值较高；PIP5K8蛋白定位在分泌通路。利从PIP5Ks在差异表达的相对表达量变化上来看，除PIP5K4并未检测到荧光，其余PIP5Ks均有一定的差异表达，PIP5Ks的相对表达量的变化趋势均较为相近，PIP5K1、PIP5K2的相对表达量较多，其次为PIP5K8、PIP5K9的相对表达量，PIP5K6及PIP5K11只有少量的表达。结论 PIP5Ks在蓖麻中对花序轴性状可能有一定的影响，PIP5Ks在花序轴上的差异含量与花序发育具有一定的规律性