辣椒轻斑驳病毒湖南分离物的全基因序列测定及结构分析

采自湖南地区的辣椒轻斑驳病毒Pepper mild mottle virus (PMMoV)样品经单斑分离后, 根据已经报道的PMMoV序列基因保守区设计6对简并引物, 采用片段重叠法和RACE方法扩增、克隆获得一个全长为6 356 bp的湖南分离物(PMMoV-HN1, 登录号:KP345899)全基因组序列, 编码4个蛋白, 分别为126 kD蛋白(70~3 423 nt)、183 kD蛋白(70~4 908 nt)、28 kD蛋白(4 909~5 682 nt)和17.5 kD蛋白(5 685~6 158 nt), 5′-非编码区(5′-UTR)和3′-非编码区(3′-UTR)分别含有69和198个碱基, 其中5′-UTR存在一个序列为m7G5′pppG的甲基化核苷酸帽子结构。一致性分析发现PMMoV-HN1与PMMoV其他分离物的核酸一致性为94％~99%, 编码的氨基酸一致性为94%~99%。全基因组序列系统进化分析表明PMMoV-HN1分离物与中国首次报道的PMMoV-CN分离物亲缘关系最近。本研究是国内报道的第二例PMMoV全基因组序列