基于转录组数据的印度谷螟微卫星位点分析

基于印度谷螟转录组测序数据筛选其功能微卫星(ESTSSR)分子标记,设计该虫的微卫星(SSR)引物并验证其适用性。用MicroSAtellite微卫星搜索软件查找印度谷螟转录组中微卫星的数量、重复次数以及所有微卫星的位置信息,采用Primer Premier 5软件设计SSR引物,并进行PCR验证。结果表明含ESTSSR的序列3 173个,占总搜索序列的8.52%,平均每13 kb中就出现1个ESTSSR。共发现192种微卫星类型,其中重复单元为单碱基、二碱基和三碱基的比例较高,依次是28.21%、39.84%、25.43%。除单碱基重复单元外,出现频率最高的是AT/AT,有593次。在66对印度谷螟ESTSSR引物中,有28对PCR扩增成功。这说明基于印度谷螟转录组数据开发微卫星标记是可行的,本研究获得的印度谷螟ESTSSR位点为今后开展该虫的种群遗传学研究提供了基础数据