甘蔗线条花叶病毒HC-Pro基因的分子变异分析

为了解析甘蔗线条花叶病毒Sugarcane streak mosaic virus (SCSMV)不同分离物HC-Pro基因的分子变异规律, 本研究利用RT-PCR法扩增获得SCSMV HC-Pro基因的序列, 通过生物信息学分析, 分别从重组、系统发生、选择压力等方面研究SCSMV HC-Pro基因的分子变异特征。共测定了44条SCSMV HC-Pro基因序列, 相似性最低值为70%; HC-Pro基因重组频率较低, 仅发现3个重组位点, 其中一个系首次报道; 与先前报道相比, 部分新测定云南蔗区的SCSMV分离物在HC-Pro基因上形成一个新组-第Ⅲ组; HC-Pro基因处于很强的负选择压力作用, 未发现正向选择作用位点。本研究结果进一步证明SCSMV HC-Pro基因具有高度的遗传多样性