GWAS研究大肠杆菌和金黄色葡萄球菌种间互作进化机制

[目的]通过实验室培养模拟自然环境微生物相互作用，进而找到影响细菌基因型和表型的基因。[方法]将大肠杆菌和金黄色葡萄球菌在实验室条件下进行单独培养和两两混合培养并连续转接，通过得到的数量表型与最大生长速率表型做全基因组关联分析（GWAS），对得到的与表型相关的SNP进行注释与分析。[结果]162个SNP位点影响到大肠杆菌原始菌株与共培养菌株的生长，36个SNP位点影响大肠杆菌菌株在单独培养和共同培养的生长。总共有85个SNP位点影响金黄色葡萄球菌的原始菌株与单独培养。其中5个基因在之前文献中已有报道。对影响不同时间点细菌数量变化形状的SNP位点进行功能注释，大肠杆菌中有706个与生长性能相关。金黄色葡萄球菌中，129个和不同的生长性能相关。大肠杆菌SNP位点的13个基因在之前的研究中已有报道。[结论]混合培养和单独培养都检测到与生长相关的显著基因，本研究表明了GWAS在研究细菌互作进化机制方面的潜力