新疆艾比湖沉积物中免培养放线菌的多样性

[目的]采用免培养的方法研究新疆艾比湖湖底沉积物放线菌组成及多样性。[方法]采集并混合5份艾比湖湖底沉积物样本，并提取其总DNA，采用放线菌通用引物对其16S rRNA基因序列进行Touchdown PCR，构建放线菌16S rRNA基因文库。蓝白斑筛选后随机挑选白色克隆分析，利用限制性内切酶Hha Ⅰ进行酶切分型，挑选具有独特限制性片段差异的阳性克隆进行测序分析。序列经ChimeraCheck检测，BLAST同源比对及构建16S rRNA基因序列系统发育树。[结果]随机挑选192个白色克隆，其中166个为阳性克隆，选取51个具有独特限制性片段差异的克隆进行序列分析。测序结果进行比对以及Chimera Check检测后，共获得36个可操作单元（Operational Taxonomic Units, OTUs），GenBank注册号为KR182090-KR182131。文库覆盖度结果表明克隆文库涵盖了本环境中90.4%的放线菌类群。聚类结果显示，艾比湖湖底沉积物中放线菌分为2个类群，第1个类群属于放线菌门（Actinobacteria），放线菌纲（Actinobacteria）中的放线菌目（Actinomycetales）、丙酸杆菌目（Propionibacteriales）、微球菌目（Micrococcales）和棒杆菌目（Corynebacteriales）4个目，该类群占克隆文库18.1%；另外1个类群属于Unclassified Actinobacteria的类群，分为3个不同的group，占整个克隆文库的81.9%。[结论]新疆艾比湖湖底沉积物中存在多种未知的放线菌类群