云南蔗区甘蔗线条花叶病毒分离物NIa基因形成新簇

[目的] 利用NIa基因，阐明甘蔗线条花叶病毒（Sugarcane streak mosaic virus，SCSMV）的种系发生关系，为预测SCSMV流行变异趋势及科学防控提供理论依据。[方法] 从云南蔗区和国家甘蔗种质资源圃采集感病样品，RT-PCR扩增获得SCSMV NIa基因序列后，使用Splits Tree、RDP、PhyML、DnaSP等软件分析SCSMV中国分离物的系统发生、选择压力及基因流动等特征。[结果] 共获得23条SCSMV NIa基因序列。这些序列间未发生重组，云南蔗区的部分序列形成1个新簇，且云南蔗区与国家甘蔗种质资源圃之间的基因交流不显著。此外，选择压力分析表明，NIa基因受很强的负选择压力作用。[结论] 与P1、HC-Pro和CP等基因类似，SCSMV在NIa基因上也包含5个簇；SCSMV云南分离物具有较高的遗传多样性和清晰的地理相关性