副溶血性弧菌CRISPR的检测及其结构分析

[目的]检测副溶血性弧菌（Vibrio parahaemolyticus，简称VP）中规律成簇间隔的短回文序列（Clustered regularly interspaced short palindromic repeats，CRISPR），并对不同来源的VP中CRISPR位点的结构多样性进行分析。[方法]根据CRISPR DB数据库中公布的VP中确定的CRISPR结构序列CRISPR-1及文献中新发现的疑似CRISPR结构序列CRISPR-2设计引物，对不同来源的79株VP进行PCR扩增。利用CRISPR Finder分析CRISPR结构，采用生物信息学方法对不同来源VP的CRISPR位点结构多样性进行比较分析。[结果]79株VP中CRISPR-1的检出率为92.41%，CRISPR-2的检出率为96.20%，同时具有这2个位点的菌株占总数的89.87%，只有1株菌被检出不含有任何位点。分别比较不同来源的菌株CRISPR-1、CRISPR-2位点的重复序列发现不存在序列差异，而临床菌株的这2个CRISPR位点在间隔序列上比环境分离菌株存在更多的变异。2个CRISPR位点根据间隔序列的不同在VP中一共组成8种CRISPR谱型（编号A-H），除F谱型外，A-E、G谱型均只在临床分离菌株中发现，而在环境分离菌中还发现不含任何位点的H型。[结论]CRISPR在VP中普遍存在。环境分离菌株与临床分离菌株中CRISPR的结构存在差异