大麦EST-SSR分子标记开发及特征分析

大麦是一种古老的栽培作物，也是分子遗传学研究中常用的模式植物，为满足大麦基因作图、遗传多样性、种质资源鉴定和分子辅助育种等研究的需求，拟在NCBI公共数据库基础上，开发基于表达序列标签（EST）的简单序列重复（SSR）分子标记. 从NCBI数据库中获得了525 781条大麦EST序列，将这些序列进行聚类和去冗余后共获得61 902个Unigene，随后通过MISA软件搜索Unigene中的SSR位点，并设计引物9 659对，最后通过电子PCR（E？CPCR）和普通PCR对引物进行验证. 结果显示：（1）61 902个Unigene中含有SSR位点24 648个，其中复合SSR位点5 843个，约占3.42%，单纯SSR位点23 805个，约占96.58%；（2）经E-PCR验证后发现9 659对SSR引物中有1 060对（11%）能够成功扩增出产物；（3）随机选取的11对引物经普通PCR验证发现，这些引物都能在2份野生大麦品种、2份栽培大麦品种及1份小麦、硬粒小麦、荆州黑麦和节节麦中成功扩增. 本研究表明日益丰富的EST公共数据库是大麦SSR分子标记的重要来源；利用EST公共数据库、SSR搜索软件，结合E？CPCR验证是开发SSR分子标记省时高效的手段. （图1 表2 参38