杏鲍菇转录组数据SSR位点的生物信息学分析

为了开发杏鲍菇分子标记，利用前期高通量测序技术获得的杏鲍菇转录组数据，采用生物信息学软件Trinity拼接，然后通过MISA软件检索并分析杏鲍菇转录组简单重复序列（Simple sequence repeats，SSR）位点. 共获得45 833条unigene，在其中的3 256条unigene中检测到3 811条符合软件参数的SSR序列，发生频率为8.31%. SSR位点平均长度为15 bp，平均分布频率是1/15.91 kb. 在杏鲍菇转录组的SSRs中，单核苷酸与三核苷酸重复基元为主要重复类型，分别占总SSRs的45.24%和35.53%. SSR基元的重复次数为5-24次，其中5次或10次重复是发生频率最高的，SSR重复基元共有85个类型，其中A/T是最常见的重复基元，比例为38.97%，其次为AG/CT，比例为8.24%. 对3 811个SSR位点设计出3 644对SSR引物，随机选择20对引物进行PCR扩增，其中9对在3个杏鲍菇品种中表现出多态性. 本研究表明杏鲍菇转录组SSR位点多态性丰富，具有较高的应用潜力. （图3 表2 参25