基于RAD-seq数据开发烟草多态性SSR标记

摘要： 采用RAD-seq技术对两份烟草材料"118-3"和"粤烟98"进行简化基因组测序，分别获得45 119 346和50 360 738个高质量干净读长（HQ clean reads）。通过序列分析，在22 145个reads覆盖的参考基因组序列中共检测到25 343个SSR位点，其中以二和三核苷酸重复基序最为丰富，占总SSR位点的71.59%；除单核苷酸类型外，SSR基序的重复次数主要集中在4~9之间。根据SSR位点两翼的序列，利用Primer 3.0成功设计出23 346对SSR引物，引物设计的成功率为92.12%。依据测序数据初步发现这些SSR中有323个（1.38%）SSR在两份测序材料间具有多态性，随机选择其中50个SSR在4份烟草材料中进行验证，结果发现在两份测序材料间的多态率为76%，存在24%的假阳性；在另两份烟草材料中多态率为20%。研究结果表明，利用简化基因组测序技术能够开发大量SSR标记和发现样品间具有多态性的SSR标记，可为SSR标记的开发和应用提供基础