嗜水气单胞菌转录调控蛋白基因的克隆与序列分析

摘要 根据嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila）转录调控蛋白（AhyR）基因序列设计特异性引物, 采用PCR方法克隆嗜水气单胞菌Zf1菌株AhyR基因, 测序目的基因大小为1 063 bp。对AhyR基因编码蛋白进行生物信息学分析, 推导其开放阅读框（ORF）编码260 aa, 含有自体诱导物结合域（18-168 aa）、LuxR型螺旋-转角-螺旋（HTH）DNA结合结构域（176-241 aa）, 以及13个磷酸化位点（15S、30T、62S、144S、145S、156S、161Y、173S、184T、188T、200S、227S、231Y）。AhyR蛋白三级结构与模板（PDB：3SZT_A）相似性达28.40%, 结果显示LuxR型螺旋-转角-螺旋结构域主要以α螺旋分布在C端外侧, 这与拉马钱德兰图（Ramachandran plot）检测分析AhyR蛋白空间结构基本一致