猪嵴病毒441株3D基因的克隆及序列分析

摘要 根据GenBank中登录的猪嵴病毒(porcine kobuvirus，PKV)核苷酸序列设计引物，利用RT-PCR技术及3' RACE法扩增猪嵴病毒441株(swKoV CH441株)3D基因。成功扩增了swKoV CH441株的3D基因，3'非编码区(3' untranslated region，3' UTR)及Poly(A)，扩增的基因片段长度分别为1 064、1 046和592 bp，包括3A、3B、3C、3D基因序列，3' UTR序列和一个至少含有29个Poly(A)的尾巴。序列分析结果表明，swKoV CH441株3D基因全长1 407 bp，编码468个氨基酸，分子质量约为53 369.29 D，理论等电点为6.12；3' UTR位于终止密码子TGA之后，长166 bp；swKoV CH441株与其他猪嵴病毒3D基因核苷酸序列相似性在92.2%-93.4%，氨基酸一致性为97.9%-99.4%。遗传进化分析表明，swKoV CH441株与国内株亲缘关系较近，与匈牙利株亲缘关系较远