利用重测序技术开发高粱多态性SSR分子标记

摘要 SSR分子标记由于具有成本低廉、容易操作等特性,使其在分子标记辅助育种中广泛应用。目前高粱SSR标记多基于测序已经完成美国高粱品种BTX623基因组开发,在应用中筛选多态性标记的效率低。对不育系和恢复系组成的26个高粱材料进行了重测序,然后进行生物信息学分析,最终开发了在26份材料中至少含有2种多态型的SSR标记24 441个。这些SSR标记在26份材料中表现出的基因型多态类型在2-7种之间,2种的有16 694个,7种的仅有77个。另外本研究还进行了筛选单拷贝基因处的多态性SSR分析,共筛选到6 733个。随机挑选均匀覆盖10条染色体的单拷贝基因处SSR标记50对,利用辽宁高粱杂交种辽糯3号进行测试,其中49对能扩增出产物,成功率高达98%。其后利用2个品种和74份微核心种质资源测试表明,50对SSR标记在2个品种中有18对表现出多态性,挑选了一对引物在74份微核心种质中可见8种多态型。本研究表明利用不育系和恢复系材料进行重测序能有效开发多态性高的SSR标记