基于高通量测序的辽东栎转录组学研究

摘要 应用Illumina Solexa Hiseq 2000高通量测序技术对辽东栎的芽、花、叶及果实的混合样品进行转录组测序, 结果共获得3.8 Gb的有效数据。应用Trinity软件对有效序列从头拼接去重复后, 共获得95 800条unigene, 总长度为73.57 Mb, 最大长度、平均长度和N50分别为11 284 bp、768 bp和1 373 bp。利用Blastx与公共数据库Nr和Swiss-Prot的同源性比较（E值<1×10-5）发现, 38 163条unigene未发现与公共数据库中的序列具有同源性。通过KEGG数据库中参与淀粉合成与代谢的pathway分析, 共发掘出67条参与淀粉合成的unigene, 编码9个关键酶。此外, 在13 380 条unigene 中共搜索到15 901个SSR 位点, 其中二核苷酸和三核苷酸的重复类型占所有SSR位点的98.16%