全基因组与串联复制后白菜基因的保留

摘要 全基因组复制与串联复制是两种重要的基因扩增途径,在生物进化过程中普遍存在。这两种复制方式相互关系的研究在拟南芥中已经取得很多成果。白菜(Brassica rapa)属于十字花科(Brassicaceae)芸薹属(Brassica),是一类重要的经济作物,也是研究基因组多倍化和形态演化的模式植物。白菜基因组的测序与组装工作已经取得了重大成就,运用比较基因组学的方法,通过比较白菜与模式植物拟南芥,可以清晰鉴定白菜基因组经历的全基因组三倍化事件。同时,白菜与拟南芥同属于十字花科,有较近的起源关系和良好的基因组共线性关系。因此,拟南芥可以作为外群研究白菜全基因组三倍化以及串联重复之后基因的偏向性保留。结果发现,在白菜中存在物种特有的偏向性保留基因,即与环境刺激相关的基因和与激素相关的基因