利用外源RNA作为内参结合qPCR准确检测SF2蛋白RIP富集RNA的效率

摘要 利用实时荧光定量PCR技术（Real-time Quantitative polymerase chain reaction,qPCR）检测0.1%甲醛交联RNA免疫共沉淀（RNA Immunoprecipitation,RIP）富集SF2蛋白相互作用的RNA效率,为研究可变剪接因子SF2相互作用RNA的富集效率提供准确的质检方案。采用RIP技术获取HeLa细胞中SF2蛋白相互作用的RNA,等比例加入外源酿酒酵母（BY4741）RNA,并以其β-actin作为内参基因,利用qPCR检测RIP富集SF2蛋白相互作用RNA的效率。结果显示,0.1%甲醛交联RIP技术特异性捕获得到SF2蛋白-RNA复合物;qPCR技术检测阳性基因PABP、Srsf1在SF2抗体捕获的产物和IgG抗体的产物中相应RNA的浓度差异均在60倍以上。利用qPCR技术,以外源酿酒酵母（BY4741）RNA作为内参,能快速、准确定量检测RNA的富集效率