沙冬青AmCIP基因结构及其内含子生物信息学分析

摘要 旨在分析沙冬青AmCIP基因DNA序列结构特性及功能。以沙冬青AmCIP基因的cDNA序列设计引物,采用PCR扩增其DNA序列,并利用生物信息学方法分析基因的结构。序列分析表明,沙冬青AmCIP基因DNA序列长1 548 bp,包含2个外显子和1个内含子,GenBank登录号KU744005。在该基因的ORF内存在一个78 bp的内含子序列,同时内含子序列中含有参与厌氧诱导的类增强子元件（GC-motif）和光响应元件（TCCC-motif）,3'-UTR区域含有多个参与光响应、胁迫响应和激素响应等相关的顺式作用元件,而5'-UTR区域只含有赤霉素响应元件（GARE-motif）,这些元件可能对AmCIP基因转录表达起调控作用。此外,该基因具有较高的A+T碱基含量（64.7%）,AmCIP的内含子不具有GT-AG规则的保守序列,即内含子5'碱基是GT,3'碱基是TG,推测AmCIP的mRNA具有独特的剪切机制