接触图辅助的过程重采样蛋白质构象空间优化算法

摘要 蛋白质的三维结构是研究其生物功能及活性机理的基础.为了提高蛋白质结构的预测精度，在进化计算的框架下，提出一种接触图辅助的过程重采样蛋白质构象空间优化算法（Contact Map-assistedProcess Resampling Protein Conformation Space Optimization Algorithm，CMPR）.CMPR算法基于残基接触图设计打分模型，用于选择构象以构建过程片段库，使用基于过程重采样策略的片段组装技术执行变异操作，残基接触先验知识和种群进化过程统计知识辅助采样，可以增强近天然态构象区域的搜索能力，提高蛋白质结构预测精度.在12个测试蛋白上的实验结果表明，所提方法具有良好的近天然态构象采样能力和较高的预测精度