基于转录组的大头金蝇密码子的偏好性分析

使用Codon W软件分析大头金蝇［Chrysomya megacephala(Fabricius，1794)］转录组10 923条全长转录序列的密码子偏好性。结果表明，大头金蝇转录组中的AT含量(61？？81%)远大于GC含量(38.19%)；PR2(parity rule 2，即密码子偏好性)绘图结果显示，密码子第3位碱基A的使用频率大于碱基T，碱基G的使用频率大于碱基C；中性绘图结果显示，该序列密码子的使用更多地受到选择压力的影响；有效密码子数(effective number of codons，简称ENC)在25.17~61.00个之间，均值为43.16个；密码子适应指数(codon adaptation index，简称CAI)在0.099~0.554之间，均值为0.215 8。结果共筛选出29个同义密码子相对使用度(relative synonymous codon usage，简称RSCU)>1的密码子和28个最优密码子